首先，微生物菌劑促生根的原理不同于生根劑生根粉促生根的原理。
生根劑生根粉促生根的原理：在作物生產應用中有吲哚乙酸、吲哚丁酸、萘乙酸，御根生，br生根劑，復硝酚鈉等多個成分，是在植物體內維持植物的頂端優勢，誘導同化產物向產品(果實)運輸，促進植物生根等。
微生物菌劑促生根的原理：通過施入土壤后開始繁殖，持續分泌細胞分裂素、吲哚乙酸、赤霉素等生長素及氨基酸等活性物質改善土壤環境，間接作用于植物，并不是直接作用植物，基本適用于所有植物。促進生根，根白、根長，毛細根數量增加一倍以上，吸水，吸肥能力增強，莖粗、苗壯，移栽不緩苗。
其次，微生物菌劑促生根的持效期更長，不僅能夠爆發式生根，還可以持續生根，且作物長勢更健康。
我們都知道，生根粉的使用持效期短，且一般都有一個使用濃度范圍說明，太低效果不明顯或者沒效果，太高不但沒有效果還可能抑制生根或引起藥害、傷根傷苗，甚至造成植物死亡。
比如，生根粉常用的主要是吲哚乙酸和萘乙酸鈉，萘乙酸本身是促主根的，吲哚丁酸是促毛細根的，但萘乙酸容易出藥害，輕者葉片卷曲，落花落葉，嚴重者直接抑制不長，更嚴重的直接死苗。
