1、持續提供作物生長所需要的養分。
生物有機肥中含有大量的有機質，施入土壤后經微生物緩慢分解，部分會變成簡單的礦質元素（這個過程叫做礦質化），源源不斷地供給作物生長；同時還釋放出大量的二氧化碳，供作物吸收利用和促進作物光合作用，提高作物產量。
有機質在微生物分解過程中還能產生各種酚、維生素、酶、生長素及類ji素等物質，促進作物根系生長和對養分的吸收。而且生物有機肥中還含有固氮菌、解磷、解鉀菌等微生物，可利用空氣中的氮，并釋放土壤中不易被作物吸收的鉀和磷，持續供給作物養分。
2、改良土壤團粒結構，使其疏松肥沃。
有機質在微生物的分解轉化過程中，同時也會形成另一種復雜的物質——腐殖質（這個過程叫做腐質化）。腐殖質是促進土壤團粒結構形成的重要物質。
腐殖質將土壤單粒粘結在一起形成團聚體，即土壤團粒結構，與單粒結構相比較，其總孔隙度較大。單粒之間形成小孔隙、團聚體間形成大孔隙，小孔隙能保持水分，大孔隙則保持通氣。
這樣的團粒結構土壤（壤質土）具有良好的物理性狀，疏松透氣、保水保肥，同時改善了土壤耕性和提高土壤保溫能力，能保證植物根系的良好生長，適于作物栽培。
反過來說，物理性質良好的土壤必然含有豐富的土壤團粒結構，而土壤團粒結構必須要有腐殖質的參與，腐殖質又是經過有機質分解合成而來。因此，有機肥的重要性不言而喻，土壤中施入生物有機肥必不可少。
3、增強微生物活性。
一方面，生物有機肥中含有大量的有益微生物，可以加快有機質的分解，為作物提供養分及改良土壤環境；另一方面，有機肥也為土壤微生物的繁殖和活動創造了良好的環境條件，可以增強土壤微生物活性，促進作物根際營養。
兩者之間是相輔相成的關系，而且有益微生物占據優勢地位，也遏制了有害微生物的繁殖。
再者，生物有機肥中的枯草芽孢桿菌等有益微生物利用土壤中的有機質，產生的次級代謝物中含有大量的促生長類物質，如：
生長素能促進植物伸長生長，脫落酸能促進果實成熟，赤霉素能促進開花坐果，增加開花數、保果率等。在多種促生長類物質的調節下，可以使作物產量提高、品質提升，達到增產增收。
4、減少養分固定，提高養分的有效性。
生物有機肥含有許多有機酸、腐植質酸及其他羥基類物質，它們都具有很強的螯合能力，能與許多金屬元素螯合形成螯合物，可防止土壤對這些營養元素的固定而失效。
比如，生物有機肥與磷肥摻合施用，其中的有機酸等螯合物能將土壤中活性很強的鋁離子螯合，可防止鋁與磷結合形成作物很難吸收的閉蓄態磷，大大提高土壤有效態磷含量。
5、提高化肥利用率。
在實際生產中，化肥的利用率只有30%～45%甚至更低，未被利用的化肥一部分分解釋放到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接利用，造成土壤酸化/鹽漬化和板結等不良后果。
當施入生物有機肥后，其有益微生物活動就能改善土壤結構，增加土壤保水保肥能力，從而減少養分的流失。加上有機質、有益微生物解磷解鉀作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。
此外，土壤中的微量元素95%以不溶態形式存在，不能被植物吸收利用。而微生物代謝產物中含有大量的有機酸類物質，能把微量元素鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解，變成可以被植物直接吸收利用的營養元素，大大增加土壤的供肥能力。
