1、微生物菌劑施用時間一般為清晨或者陰天。微生物菌劑中的芽孢桿菌不能在陽光下直射，會使其繁殖、代謝等活動受到影響，甚至會是去活性，要避免在炎熱高溫的天氣使用。
2、微生物菌劑對土壤條件要求比較嚴格，像土壤水分含量、有機質含量、以及pH值的大小都會影響其作用的發揮。一般菌適宜生存在含水量60%-70%的土壤中，所以施用后應立即澆透水，菌肥和有機肥混合施用，可以顯著提高土壤中有機質的含量。
3、微生物菌劑不應該長期放置，應該隨用隨買；使用前應該存放陰涼干燥、通風處，避免受熱、受潮以及陽光直射；肥料開口后應一次用完，否則會導致其他菌進入，污染肥料中的菌。
4、微生物菌劑不要與能夠殺死有益菌的物質一同使用，菌劑因為里邊含有大量的有益活菌，所以嚴禁與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用。因為這些農藥或者肥料中的物質會很容易造成菌的失活，導致其失去效果。如果要施用的話，應最少間隔48小時后再用。
5、微生物菌劑不能隨意混合化肥施用。雖然菌可以與化肥、有機肥等混合施用，但是這并不意味著可以隨意混合。當化肥中氮磷鉀等元素的總含量超過7%時就會在很大程度上抑制菌的活性。所以化肥與菌肥混用時，我們建議隨用隨混。如果菌肥中的菌種對化肥有很好的耐受性，可以混合施用。
