有機肥料無害化處理的堆、漚方法也很多，但是上海有機蔬菜肥料是采用EM堆腐法、自制發酵催熟堆腐法和工廠化無害化處理等。
EM堆腐法
EM是一種好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合細菌、放線菌、酵母菌和乳酸菌等組成，在農業和環保上有廣泛的用途。它具有除臭、殺蟲、殺菌、凈化環境和促進植物生長等多種功能。用它處理人、畜糞便作堆肥，可以起到無害化作用。其具體方法如下：
（1）購買EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或紅糖20--40克、M酪100毫升、燒酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成備用液。
（2）將人、畜糞便風干至含水量為30%~40%。
（3）取稻草、玉米稈和青草等，切成長1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均勻，作堆肥時的膨松物。
（4）將稻草等膨松物與糞便按重量10：100混合攪拌均勻，并在水泥地上鋪成長約6米、寬約 米、厚20~30厘米的肥堆。
（5）在肥堆上薄薄地撒上一層米糠或麥麩等物，然后再灑上EM備用液，每1000千克肥料灑1000~1500毫升。
（6）按同樣的方法，在上面再鋪第二層。每一堆肥料鋪3-5層后，上面蓋好塑料薄膜發酵。當肥料堆內溫度升到45℃～50℃時翻動一次。一般要翻動3～4次才能完成。完成后，一般肥料中長有許多白色的霉毛，并有一種特別的香味，這時就可以施用。一般夏天要7～15天才能處理好，春天要15~25天，冬天則更長。肥料中水分過多會使堆肥失敗，產生惡臭味。各地要根據具體條件，反復試驗、摸索才行。
發酵催熟堆腐法
如果當地買不到EM原液，也可以自制發酵催熟粉來代替，采用自制發酵催熟堆腐法進行處理。其方法如下：
（1）發酵催熟粉的制備。準備好所需原料：米糠（稻米糠、小米糠等各種米糠）、油餅（菜籽餅、花生餅、蓖麻餅等）、豆粕（加工豆腐等豆制品后的殘渣，無論何種豆類均可）、糖類（各種糖類和含糖物質均可）、泥類或黑炭粉或沸石粉和酵母粉。按米糠 %、油餅 %、豆粕 %、糖類 %、水 %和酵母粉 %的比例配方，先將糖類加于水中，攪拌溶解后，加入米糠、油餅和豆粕，經充分攪拌混合后堆放，在60攝氏度以上的溫度下發酵30~50天。然后用黑炭粉或沸石粉按1：1重量的比例，進行摻和稀釋，仔細攪拌均勻即成。
（2）堆肥制作。先將糞便風干至含水分30%～40%。將糞便與切碎稻草等膨松物按重量100：10的比例混合，每100千克混合肥中加入1千克催熟粉，充分拌和均勻，然后在堆肥舍中堆積成高 ～ 米的肥堆，進行發酵腐熟。在發酵期間，根據堆肥的溫度變化，可以判定堆肥的發酵腐熟程度。當氣溫15度時，堆積后第三天，堆肥表面以下30厘米處的溫度可達70攝氏度，堆積10天后可進行 次翻混。翻混時，堆肥表面以下30厘米處的溫度可達80攝氏度，幾乎無臭。 次翻混后10天，進行第二次翻混。翻混時，堆肥表面以下30厘米處的溫度為60攝氏度。再過10天后，第三次翻混時，堆肥表面以下30厘米處的溫度為40攝氏度，翻混后的溫度為30攝氏度，水分含量達30%左右。之后不再翻混，等待后熟。后熟一般需3～5天，最多10天即可。后熟完成，堆肥即制成。這種高溫堆腐，可以把糞便中的蟲卵和雜草種子等殺死，大腸桿菌也可大為減少，達到有機肥無害化處理的目的。
工廠化無害化處理
如果有大型畜牧場和家禽場，因糞便較多，可采用工廠化無害化處理。主要是先把糞便收集集中，然后進行脫水，使水分含量達到20%～30%。然后把脫過水的糞便輸送到一個專門蒸汽消毒房內，蒸汽消毒房的溫度不能太高，一般為80～100攝氏度。溫度太高易使養分分解損失。肥料在消毒房內不斷運轉，經20～30分鐘消毒，殺死全部的蟲卵、雜草種子及有害的病菌等。消毒房內裝有脫臭塔除臭，臭氣通過塔內排出。然后將脫臭和消毒的糞便，配上必要的天然礦物，如磷礦粉、白云石和云母粉等，進行造粒，再烘干，即成有機肥料。其工藝流程如下：糞便集中～脫水～消毒～除臭～配方攪拌～造粒～烘干～過篩～包裝～入庫。總之，通過有機肥的無害化處理，可以達到降解有機污染物和生物污染的目的。
