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果凍微波殺菌機是利用微波的電磁場的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細菌結構功能絮亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸和脫氧DNA），是由若干氫鍵松馳、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變，甚至斷裂。