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微波干燥殺菌設備是微波的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，是細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡；生物效應是微波電磁場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細胞因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細胞正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧劾糖核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲形大分子。足夠強的微波場可以導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變，甚至斷裂。微波滅菌正是利用了電磁場的熱效應和生物效應對生物的破壞作用，因此，微波干燥殺菌設備殺菌溫度低于常規方僅要70-105℃，時間僅約需3-5分鐘。