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廣大農村養殖戶利用秸稈資源，儲備草飼家畜的過冬飼草和青貯，這對我國畜牧業的發展起到了很大的推動作用。但在應用秸稈飼料的同時，廣大養殖戶應以科學發展的觀點，正確看待農作物秸稈的利用，高度重視秸稈飼料的安全。
1、植物病蟲害對秸稈飼料及對草飼家畜的危害玉米青枯病，連作玉米田及高濕、雨后驟晴的情況下發病嚴重，病菌從根部傷口侵入，使葉片呈灰綠色，萎蔫下垂，并逐漸變黃，根、莖基部呈水漬狀后變褐腐爛，潮濕時可見白色或粉紅色菌絲。小麥紋枯病、小麥白粉病、銹病、麥圓紅蜘蛛等病蟲害都對秸稈有害，使秸稈都帶病菌和病毒。這些帶病菌的秸稈直接飼喂家畜會造成很大的危害。如牛的感光過敏病就是因為采食了大量的致病植物引起的。該病以動物皮膚的無色素部分發生紅斑和皮炎為特征，重癥家畜可見體溫升高，食欲減少，皮膚充血腫脹，形成水泡、膿瘡，破潰后流出淡黃色液體而感染化膿，直至皮膚壞死脫落。
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2、秸稈本身有毒和霉變引起的家畜中毒鮮嫩高粱、玉米秸稈苗和亞麻葉等含氰苷的植物被單胃家畜采食后。還有些植物具有 有毒有害物質，如高粱秸稈中的單寧酸和一些植物性原料中的游離棉酚、蛋白酶抑制劑等，植酸以及有毒硝基化合物等。這些植物秸稈直接飼喂家畜 要注意安全適量。霉變的秸稈飼料中毒有黃曲毒素、赤霉菌毒素、曲霉菌等多種毒素，這些毒素既可侵害畜類，又可侵害禽類。中毒癥狀多為角膜混濁、腹瀉、神經紊亂、昏厥死亡。
