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傳統的發酵、那么傳統發酵(露天)達到腐熟的時間常需1～3個月，其周圍惡臭難聞，蚊、蠅大量滋生，環境污染十分嚴重。國內外的研究出用發酵劑快速發酵表明，向雞糞中添加特定的微生物菌群，能有效促進有機物降解，加速雞糞腐熟速度，同時有利于消除致臭物質，減輕對環境的污染。
發酵雞糞的微生物菌劑中起關鍵作用的主要微生物有細菌、絲狀真菌、酵母菌、放線菌等，包括纖維分解菌、蛋白分解菌、酵母菌、光合細菌、乳酸菌、除臭菌等多種有益微生物。這些菌群在生長中產生的代謝物質相互利用。在雞糞堆制發酵過程中微生物菌群以輔料為載體與雞糞組成復雜而穩定的微生態系統，能夠快速使雞糞發酵制成肥料或飼料。
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一、快速啟動發酵。一般在夏季，經微生物發酵劑處理的雞糞堆肥達到無害化指標的堆制時間一般為20天左右，而自然發酵達到這一指標時間常需60天左右。主要是因為微生物的生長繁殖，使物料中物質發酵降解，縮短堆肥達到高溫階段的時間，并延長高溫期。而在冬季尤其是北方，由于氣溫太低，難以啟動發酵，可以在雞糞中添加發酵劑微生物，便可快速啟動雞糞發酵。
二、消滅病原微生物。在微生物菌劑處理雞糞的過程中，溫度可達65℃～70℃甚至更高，高溫不僅使雞糞等物料快速腐熟，而更重要的是能有效地殺滅其中病原微生物或病毒，其中50℃～70℃的堆溫，持續6～7天，對蟲卵和病原菌。即可達到很好的致死效果，如禽流感病毒，60℃～70℃高溫數分鐘便可致其死亡。
