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(1)對評估對象和范圍把握不準
由于對無形資產認識不足，造成大量的國有資產流失：
一是在中外合資合作過程中對中方無形資產不進行評估或低估，使其無償被合資企業使用。
二是在國有企業股份制改造過程中，企業資產往往按賬面原值折股，或者對國有無形資產不評估、計價，不入賬，使得能給企業帶來經濟效益的無形資產被排除在股本之外，一些企業即使對無形資產作價計股往往也只限于商標、專利等易于評估的無形資產，而對那些評估難度較大的無形資產入商譽、特許經營權等則忽略不計。
(2)評估標準不統一，方法不科學，誤差大
世界上由許多國家和地區，對無形資產評估制定有統一的標準，在我國，目前還沒有統一的《資產評估法》，更沒有無形資產評估的實施細則。無形資產評估缺乏量化標準，很難提供客觀數據，無形資產評估結果往往誤差很大，超過 認可的20%的可接受界限，人們對評估的公正性、客觀性心存疑慮。
(3)評估管理不規范，評估市場混亂
我國無形資產評估組織雖然近年來得到較大發展，但管理相對滯后，還很不完善。
一是行政干預嚴重。由于歷史原因，我國大多數評估機構都掛靠政府部門，有的行政領導干預評估標準，影響評估的客觀公正性，評估機構與政府部門脫鉤改制的問題亟待解決。
二是評估機構無信譽等級。目前任何一家評估機構只要拿到評估資格，就可在全國范圍內從事資產評估業務，不管評估專業水平高低，評估力量強弱都處于一個層面上競爭，某些機構使用不正當手段得到項目，力量雄厚的機構卻得不到足夠業務，不利于優勝劣汰。
三是壟斷嚴重。按國家有關規定，資產評估機構取得資產評估資格后，其執業范圍是不受地方和行業限制的。但目前一些地區和行業仍存在封鎖現象。如一些地方的行業主管部門相繼成立評估機構， 放在本行業所屬企業的資產評估或本部門職權范圍內的資產評估業務上，有的評估機構獨攬業務，采取發包形式從中收取管理費。
(4)評估人員整體素質不高
資產評估工作涉及到會計學、工程技術、市場學、法學等多門科學，知識含量高，要求執業人員必須具有一定的理論知識和操作經驗，而對于無形資產評估人員素質要求則更高，而我國目前不少執業人員是從行政機關分流的離退休人員及聘用人員，未經嚴格的業務培訓和資格審查，結果導致評估中操作不規范，鑒定不科學，數據不準確，評估質量不高。
